Novosedly patří do povodí Dyje a Moravy. Toky, které jím protékají Dyje, Polní potok, Pokran, Baštýnský potok se v obci stékají a pokračují dál už jen jako Dyje, která se nad Židlochovicemi vlévá zleva do Svratky. Řeka Svratka se pak dále vlévá zleva do Dyje, a ta samotná pak ústí zprava do Moravy. Z hlediska možného povodňového ohrožení je mezi těmito toky velký rozdíl, a to v rozloze jejich zdrojových povodí - Dyje je delší a pozvolnější od úpatí Českého masivu, Polní potok, Pokran, Baštýnský potok rozvětvenější a prudší z severorakouské hornatiny.
Délka toku 235,4 km (vč. rakouské Dyje) 311 km
Plocha povodí 13 419 km²
Průměrný průtok 43,9 m³/s
Pramen Rakousko (ve výšce 410 m n.m.)
Hydrologické pořadí 4-14-02-0010 Dyje
4-14-03-0630 -0640 Dyje - úsek Novosedly ID VT: 412 760 200 300 ID CEVT: 10 100 046
ID CEVT 10 100 046
ID DIBAVOD 411 200 000 100
Pramen: ze 2 zdrojnic v Rakousku pod hradem Raabs 48°50′51,98″ s. š., 15°29′25,36″ v. d. ve výšce 410 m n. m.
Ústí: do Moravy zprava pod Břeclaví u Lanžhota 48°37′0″ s. š., 16°56′26″ v. d. ve výšce 148 m n. m. - která se
dále vlévá do Dunaje.
Dyje vzniká soutokem dvou zdrojnic, Moravské Dyje a o něco delší Rakouské Dyje, pod hradem Raabs v severním Rakousku. Údolí řeky Dyje má v celém úseku charakter meandrujícího kaňonu zařezaného do Českého masivu. Pod Drosendorfem, kde zprava přijímá Thumeritzbach, opouští rakouské území a vtéká na Moravu, do okresu Znojmo, kde záhy začíná vzdutí Vranovské přehrady, dlouhé 30 km. Do nádrže se pod Bítovem zleva vlévá Želetavka. Ve většině tohoto úseku tvoří Dyje česko-rakouskou státní hranici a na rakouské straně na český NP bezprostředně navazuje Národní park Thayatal, vyhlášený roku 2000. Oba národní parky mají dohromady 76 km². Pod historickým jádrem Znojma, největšího města na celém toku řeky, vstupuje Dyje do Dyjskosvrateckého úvalu. Tudy teče na jihovýchod stále mělčím údolím v polní venkovské krajině až k Laa an der Thaya, kde se opět dotýká rakouského území, přijímá svůj největší pravostranný přítok Pulkavu, a pokračuje ohybem v již regulovaném korytě na severoseverovýchod, podél státní hranice. Od ní se opět vzdaluje nad Novosedly, kde přijímá zleva Jevišovku protéká pod Drnholcem a její tok se rozšiřuje a zpomaluje vzdutím kaskády rozsáhlého vodního díla Nové Mlýny, které ze severu obkružuje Pavlovské vrchy. Správcem toku je Povodí Moravy, s.p. - závod Dyje.
Pod historickým jádrem Znojma, největšího města na celém toku řeky, vstupuje Dyje do Dyjskosvrateckého úvalu. Tudy teče na jihovýchod stále mělčím údolím v polní venkovské krajině až k Laa an der Thaya, kde se opět dotýká rakouského území, přijímá svůj největší pravostranný přítok Pulkavu, a pokračuje ohybem v již regulovaném korytě na severoseverovýchod, podél státní hranice. Od ní se opět vzdaluje nad Novosedly (okres Břeclav), kde přijímá zleva Jevišovku protéká pod Drnholcem a její tok se rozšiřuje a zpomaluje vzdutím kaskády rozsáhlého vodního díla Nové Mlýny, které ze severu obkružuje Pavlovské vrchy. Toto dílo budí dodnes kontroverze pro své ekologické dopady, hraje však důležitou roli v protipovodňové ochraně území níže na toku. Do prostřední nádrže Nových Mlýnů se společným ústím vlévají zleva dva nejvýznamnější dyjské přítoky, Jihlava a Svratka.
Podle historických pramenů a archeologických a stratigrafických výzkumů vedl původní tok Dyje pravděpodobně úvalem od Novosedel kolem Mikulova k Lednici, kudy dnes tečou Polní potok a Včelínek. Tento fakt dokládá např. Kosmova kronika, která k roku 1082 uvádí Dyji jako jižní hranici Moravy, rozdvojení Dyje u Novosedel je popsáno v tzv. Fürstenbuchu ještě ve 13. století. Mezi rameny tak existoval ostrov s Pavlovskými vrchy, později se tok stabilizoval pouze do severního ramene Dyje přes Mušov.
Správcem toku je Povodí Moravy, s.p. - závod Dyje.

Přítoky Dyje
levé – Moravská Dyje, Želetavka, Jevišovka, Jihlava, Svratka, Trkmanka, Kyjovka
pravé – Pulkava, Baštýnský potok, Polní potok, Pokran
Povodí řeky bylo postiženo povodněmi v letech 1997 (spíše okrajově), 2002 a především v roce 2006. Na jaře 2006 došlo při povodních k přetečení a poškození všech přehradních hrází na toku řeky. Povodeň nebyla schopna zadržet ani soustava nádrží Nové Mlýny a došlo mj. k vážnému poškození zámeckých zahrad v Lednici.
č.hp: 4-14-03-0570 ID CEVT: 10 219 474 ID DIBAVOD: 412 610 200 100
Polní potok je potok v Novosedlech, který protéká jížním centrem obce a vlévá se zprava do Dyje. Vzhledem ke své poloze je druhým největším zdrojem povodňového ohrožení zástavby obce. Správcem vodního toku je Povodí Moravy s.p. - závod Dyje.
č.hp: 4-14-02-0961 ID CEVT: 10 104 743 ID DIBAVOD: 412 140 100 100
je potok v Novosedlech, který se vlévá do Dyje zprava, poté co se od něj doprava v Loukách oddělil Pokran. Vtéká do jižní hranice katastru Novosedel z Rakouska kolem obce Nový Přerov. V Novosedlech nepůsobí větší škody, neboť se centru vyhýbá. Správcem vodního toku je Povodí Moravy s.p. - závod Dyje.
č.hp: 4-14-03-0630, -631, -632 ID CEVT: 10 203 157 ID DIBAVOD: 412 720 300 100
jako potok tvoří sběrné řečiště pro povodňové vody z Novosedel, které odvádí dále na severovýchod podél koryta Dyje v jeho pravobřežní inundaci. V lokalitách při hranici katastru s katastrem Drnholce tvoří řadu zavlažovacích – odvodňovacích kanálů. Rovněž pomáhá odvodňovat tzv. Brodské louky z katastru Drnholce v pravobřežní inundaci Dyje. Správcem vodního toku je Povodí Moravy s.p. - závod Dyje.
Kobylský potok
ID CEVT: 10 219 463
Pramení v Rakousku jako Mühlgraben ve dvou větvích východně od obce Pottenhofen a je levostranným přítokem Polního potoka na jihovýchodní hranici katastru Novosedel. Tento potok má rovněž stanoveno záplavové území. Správcem vodního toku je Povodí Moravy s.p. - závod Dyje.
č.hp: 4-14-03-0632-0-10 ID CEVT: 10 206 843
Vede od železniční stanice Novosedly na sever, kde se zprava vlévá do Pokranu.